"E' l'anno 0079 dell'era universale, sono passati cinquan'anni da quando la popolazione della Terra ha cominciato a trasferirsi su gigantesche colonie spaziali orbitanti. Queste sono dibentate la patria di una nuova generazione di esseri umani che su esse nascono crescono e muoiono. Il gruppo di colonie più lontano dalla Terra denominato Side 3 si è auto proclamato Principato di Zeon ed ha iniziato una guerra di indipendenza contro la Federazione Terrestre. La fase iniziale dei combattimenti durata un mese ha visto entrambe la parti perdere la metà delle rispettive popolazioni. la gente è innorridita dalle atrocità che i due eserciti hanno commesso in nome dell'indipendenza. Sono passati otto mesi da allora e la guerra continua senza ne vincitori ne vinti."
Su ordine del maggiore Scia dell’esercito del Principato di Zeon tre Zaku si introducono nella colonia di Side 7. Il soldato Gene visti coi propri occhi gli sviluppi sui Mobile Suit e fin troppo desideroso di riportare una vittoria apre le ostilità. Peter Rei rimasto coinvolto negli scontri raccoglie per caso il manuale di un Mobile Suit nuovo modello il “Gundam” e salitovi bordo inizia a combattere. A causa della guerra metà dei soldati regolari sono morti o hanno subito gravi ferite. I ragazzi superstiti si preparano a fuggire a bordo della base bianca. Intanto Scia si introduce su side 7 venendo scoperto da Seira. Rimangono entrambi sorpresi nel vedere nella persona che hanno davanti l’immagine del proprio fratello e sorella. Scia torna nello spazio dove sale a bordo dello Zaku e si prepara ad attaccare la Base Bianca, si iniziano a vedere le vere abilità di pilota e combattente di Scia.
Bright propone di contrattaccare il Musai che insegue la Base Bianca. Il Guntank, insieme a Peter Rei abbattono la nave di rifornimento Papua. Perduta la nave il comandante Gadem li sfida in un combattimento con uno Zaku vecchio modello. Peter rei dimostra di avere molto intuito come pilota ed Hayato e Kai collaborano per mettere fuori combattimento la Papua. Dopo essere arrivati su Luna II Peter Rei e gli altri vengono messi in stato di fermo per essere entrati in contatto con segreti militari. Nel caos portato da Scia, al Gundam ed alla Base bianca viene dato il permesso di partire all’attacco, e nonostante tutto riescono a decollare senza troppi problemi. La Base Bianca si appresta a rientrare in atmosfera per raggiungere il quartier generale della Federazione Terrestre a Jaburo. Ma subito prima la squadra di Zaku di Scia si avvicina e Peter Rei risponde all’attacco. Nel frattempo alla guida delle truppe di terra Garma attacca la Base Bianca. Non abituato alla forza di gravità Peter Rei ha difficoltà a combattere. Per ribaltare le sorti della battaglia e riportare la vittoria si stressa sia fisicamente che psicologicamente. Sul campo di battaglia Peter Rei agisce sempre e solo di sua iniziativa provocando un malcontento in Bright.
Per prendere contatto con il quartier generale dell’esercito della Federazione Terrestre, Peter Rei cerca di superare in volo alla massima velocita le linee nemiche con il Core Fighter, ma le sue intenzioni vengono scoperte da Scia. In America del Nord la Base Bianca continua al sua fuga sotto la sorveglianza dell’esercito di Zeon. A bordo della nave lo scontento dei rifugiati aumenta sempre di più. I rifugiati tra cui Persia e suo figlio desiderano scendere a terra, viene quindi siglato un accordo temporaneo di cessate il fuoco. Intanto Bright Noa nasconde il Gundam e progetta un attacco a sorpresa. L’abbattimento di Barom della squadra di investigazione di Zeon, che si era accorto del piano fornisce l’occasione per riprendere le ostilità. Garma nel frattempo arriva all’attacco a bordo di un Dopp. Peter Rei rinchiuso nel suo all0ggio è raggiunto da Bright che cerca di scuoterlo schiaffeggiandolo, ma ottiene solo la sua avversione. Peter Rei al nome di Scia pronunciato da Bright reagisce e parte all’azione. Scoperta la strategia della Base Bianca nascosta in un campo da baseball, Scia la appositamente che Garma desideroso di ottenere un grande prestigio in battaglia si diriga a raggiungerla. Garma finisce prede del fuoco concentrato della Base Bianca. Scia che agisce per vendetta stava aspettando l’occasione di liberarsi di lui. Ricevuta la notizia della morte in battaglia di Garma Icelina sale a bordo di un Gaw e parte all’inseguimento della Base Bianca. Trovandosi in una situazione sfavorevole all’ultimo è lei stessa a prendere i comandi, pronta ad immolarsi lanciandosi contro il Gundam.
Nel frattempo il temerario veterano Ramba Ral a bordo di un Gouf un nuovo Mobile Suit attacca la Base Bianca. Peter Rei ancora stordito per lo shock dovuto al combattimento con Icelina, torna in se durante questo nuovo scontro. Rientrato Peter Rei assiste alla trasmissione in diretta ai funerali di stato di Garma ed al discorso di Gihren. La Base Bianca fa scalo nei pressi della zona dove è nato Peter Rei il quale va nella casa di quando era piccolo. Trova poi la madre in un campo profughi. Li si imbatte per caso in una pattuglia di Zeon che scatenano in lui un’aggressività che lascia sconvolta la madre che stenta a riconoscere suo figlio oramai cambiato dalla guerra.
Utilizzando dei Wappa dei soldati che si trovano nella base in prima linea di Zeon piazzano delle bombe a tempo sul Gundam. Cercando di liberarsi delle bombe Peter Rei lotta strenuamente da solo. Sventata questa minaccia la Base Bianca che prende parte al piano d’attacco “Operazione Odessa” sta attraversando il mar caspio.
Mentre avanza nella zona desertica la flotta di Ramba Ral arriva all’attacco. Per scoprire qualcosa su Scia che sospetta essere suo fratello Seira sale a bordo del Gundam senza autorizzazione e parte all’attacco. Peter Rei esce in azione col Guntank ignorando l’ordine di Bright di attaccare la base mineraria. Intanto Cozum un soldato di Ramba Ral fatto prigioniero prepara la sua fuga e fa trapelare delle informazioni mentre la flotta di Ramba Ral risponde all’attacco di Peter Rei. Peter rei scopre la base mineraria di M’Quve. Si accerta che si tratti dell’obbiettivo dell’Operazione Odessa e porta un attacco improvviso. Presi alla sprovvista Kycilia e M’Quve lo affrontano con l’Adzam e bloccano il Gundam con scariche elettriche. Nonostante ciò Gundam sconfigge l'Adzam e forza Kycilia a ordinare l'evacuazione ed autodistruzione della base. Quando arriva la Base Bianca sia le truppe di Zeon che il Gundam si sono già allontanati. Peter Rei e Ramba ral si incontrano per caso in una locanda nella città di Sodon. Seguendo Mirka Ramba ral scopre la posizione della Base Bianca e la attacca. Peter Rei va a prestare il suo aiuto e grande è la sorpresa quando Ral e Peter Rei scoprono l’identità l’uno dell’altro. Tornato sulla Base Bianca Peter Rei viene messo in cella d’isolamento punito per la sua diserzione. Del tutto insoddisfatti del trattamento riservato a Peter Rei, Kai ed Hayato si danno alla fuga. Ryu li segue e cerca di persuaderli. Nel frattempo Ramba Ral esasperato dalla mancanza di rifornimenti negatigli da M'Quve irrompe nella Base Bianca con tecniche di guerriglia. Ryu combatte con tutte le sue forze per mantenere il alvoro di squadra all’interno delle nave. Ma quando Peter rei viene liberato e sostituisce Seira al comando del Gundam, Ramba Ral vedendola la riconosce per Artesia, figlia di Zeon Zum Daikun. Peter Rei riesce però a capovolgere le sorti della battaglia e Ramba Ral si suicida con una bomba a mano. Hamon Ral tenta un attacco suicida contro la Base Bianca per vendicare Ramba Ral e sta anche per distruggere il Gundam quando Ryu si sacrifica interponendosi con il suo mezzo.
Lo shock per la morte di Ryu, sommato alla stanchezza fisica, fa ammalare Bright. La Base bianca è in pericolo ed oltre a questo cade nella rete di accerchiamento di M’Quve e viene colpita dal cannone a mega particelle che causa gravi danni. Non abituata Flammet si sente schiacciata dalla pressione dal dover dare ordini in combattimento e non sa come comportarsi. La Base Bianca si rifugia in una vallata per i lavori di riparazione, quando arriva la richiesta di soccorso di Matilda che sta portando i rifornimenti per le riparazioni ma è stata attaccata dalle forze di Zeon. Peter Rei esce con il Core Fighter trasformandosi poi in Gundam, ma distratto dalla sorte di Matilda, costretta ad un atterraggio di emergenza, rischia di essere abbattuto e viene salvato dal G-Fighter trasportato da Matilda. Ricevuta a bordo Matilda la Base Bianca si sta godendo un pò di tranquillità quando improvvisamente viene attaccata dai Dom dei Black Tri Stars. A salvare il Gundam, alla loro mercè ed in grave difficoltà è Matilda che sacrifica la propria vita.Con l’inizio dell’Operazione Odessa Peter Rei scopre il tradimento del Generale Erlan. Questo muta le sorti della battaglia e M’Quve lancia una proibita testata all’idrogeno, Peter Riesce ad impedire che esploda. Riesce a sconfiggere anche la Black Tri Stars vendicando Matilda e l’operazione si conclude con il successo della Federazione Terrestre.
Alla Base Bianca arriva l’ordine di dirigersi verso Jaburo in America meridionale, nel tragitto fa scalo a Belfast per delle riparazioni. Nel frattempo Scia viene convocato da Kycilia che lo reintegra in prima linea al comando della flotta dei Mad Angler. Attacca il Gundam con i Gog. Non sopportando l’idea che la Base Bianca venga incorporata nella flotta ufficiale Kai lascia la nave. Qua incontra Mihrau, al donna spia che costringe la Base Bianca a sostenere un estenuante attacco a causa delle informazioni da lei passate a Scia. Non riuscendo a restare indifferente Kai torna per prestare il suo aiuto. Kai scopre Miharu intrufolata bordo della Base Bianca e la nasconde. Sentendosi responsabile per aver messo in pericolo la nave con le informazioni da lei stessa passate, esce in azione insieme a Kai con il Gunperry, ma perde la vita in modo accidentale. Arrivati a Jaburo in Brasile trovano il capitano Woody che era fidanzato con Matilda, morta in combattimento. Qua vengono attaccati da degli Z’Gok al cui comando cìè Scia. Peter rei è in difficoltà ed in aiuto arriva Woody che pilotando un Fanfan viene abbattuto e perde la vita. Successivamente Scia scopre l’ingresso di Jaburo camuffato da giungla e porta un attacco contro il quartier generale dell’esercito della Federazione Terrestre con i rinforzi giunti dalla California. All'equipaggio della Base Bianca vengono riconosciuti i gradi militari. Katz, Letz e Kikka vengono fatti scendere dalla Base Bianca ed affidati ad un istituto dal quale pero fuggono. Perdutisi si imbattono per caso in alcuni membri dei servizi segreti nemici e vengono catturati, ma fuggono di nuovo sventando il loro piano. Questo consentirà loro di restare a bordo.
La Base Bianca riparte per lo spazio per prima a fare da esca, è inseguita dallo Zanzibar con Scia a bordo. Dopo alcuni scontri riesce ad arrivare su Side 6 una zona neutrale demilitarizzata. Li avvengono alcuni incontri, Peter Rei ritrova il padre creduto morto e Flammet il l’ex fidanzato. La Base Bianca in riparazione subisce un attacco a sorpresa portato da una squadriglia di Rick Dom. Nel cottage dove si è fermato per ripararsi dalla pioggia Peter Rei incontra una misteriosa ragazza Lalah Sune, sulla via del ritorno rimane impantanato nel fango e viene aiutato dalla ragazza di prima e da un ufficiale di Zeon, Scia. Quando la Base Bianca lascia da Side 6 viene attaccata dalle armate di Conscon, ma Peter Rei abbatte un nemico dopo l’altro, sia i Rick Dom che la corazzata nemica. Nello scontro contro Solomon la base Bianca ha l’incarico di fare parte dell’avanguardia. Mentre attira le forze militari. La flotta di Tiam, il grosso dell’esercito della Federazione Terrestre, porta il suo attacco con il “Solar System” ed il Gundam penetra all’interno di Solomon. La Base Bianca si trova in prima linea. Dopo aver riportato la vittoria nella battaglia di Solomon contro Dozle Zabi ed il suo possente Big Zam, penetrata nella Texas Zone la Base Bianca entra in contatto con la flotta di M’Quve. Anche Scia è approdato a Texas per ricevere il Gelgoog. M’Quve sfida in battaglia il Gundam con il suo Gyal venendo sopraffatto. Scia a bordo del Gelgoog porta un attacco per verificare se il pilota del Gundam è un Newtype. Peter Rei danneggia il Gelgoog, ma anche lui subisce danni ed è impossibilitato a muoversi. Uscita in ricognizione Seria si imbatte in Scia.
Nel frattempo Challia Bull un soldato di Zeon al quale sono state scoperte capacità Newtype viene messo al comando di un Brraw Bro e mandato in battaglia. Porta attacchi in tutte le direzioni contro il Gundam, però viene sconfitto. Anche Lalah che ha capacità nascoste partecipa al suo primo combattimento a bordo di un Elmeth riportando grandi risultati. Dall’altra parte l’esercito della Federazione Terrestre mette in atto l’”Operazione Stella Uno”. Anche la Base Bianca attacca su Solomon. Il Gundam sul quale è stato installato il Magnetic Coating System si scontra con l’Elmeth di Lalah. Scia si intromette con il Gelgoog, Lalah gli fa da scudo e perde la vita. Inoltre viene lanciato il Solar Ray di Gihren. I sopravvissuti dell’esercito della Federazione Terrestre si dirigono verso A Boa Qu, base d’appoggio di Gihren a portare il loro attacco in massa. Gihren viene assassinato da Kycilia, intanto Scia parte a bordo dello Zeong per sfidare Peter Rei in battaglia. Durante la battaglia di A Baoa Qu i due si fronteggiano dapprima a bordo dei rispettivi Mobile Suit, e una volta distruttili, in un corpo a corpo che si risolverà con la fuga di entrambi, per scampare alla distruzione della base. Durante la fuga Scia uccide Kycilia, La Base Bianca, quasi totalmente distrutta viene abbandonata sull'asteroide dal suo equipaggio, i cui membri principali si radunano a bordo di due navette di salvataggio, che a loro volta verranno raggiuti da Peter Rei.
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