Nell'anno 1999 la Terra è al al culmine del proprio sviluppo tecnologico e si appresta a colonizzare l'intero sistema solare, con la costruzione di una base spaziale su Plutone. La supervisione dei lavori viene affidata alla Squadra Speciale, la cui base si trova in un centro diretto dal professor Otsuka. Tra i membri della squadra vi è un ragazzo di 17 anni, protagonista della serie: Takeru Myojin. Il team è completato da Mika, Naoto, Keiji e Akira.
Takeru Myojin è figlio del dottor Myojin. All'età di 17 anni, inizia ad avere alcuni incubi, popolati da una figura tenebrosa, che si fa chiamare Zoule, imperatore di un misterioso pianeta di nome Gishin. Durante questi sogni afferma di essere il suo vero padre. Il ragazzo, confuso e disorientato, chiede spiegazione al padre adottivo, il quale si vede costretto a raccontare tutta la verità: nel 1982, appunto 17 anni prima, in un punto dell'oceano dove sorge la scogliera Myojin, si verificò una potente esplosione, il dottore vi si precipitò a controllare e rinvenne una capsula con all'interno un neonato, che venne adottato da lui e chiamato Takeru.
L'imperatore Zoule, oltre ad agitare gli incubi di Takeru, contatta la base del professor Otsuka, intimando i terrestri di abbandonare qualsiasi ulteriore velleità di conquista ed espansione nello spazio, altrimenti,attaccherà la Terra. Dopo la risposta negativa dei terrestri, Gishin attacca la terra inviando un potente robot da combattimento, provocando la morte del dottor Myojin. Takeru, in grave pericolo, e in stato di semi incoscienza, viene soccorso da un robot di nome G-R che lo attira al suo interno con un raggio di luce. Il meccanismo non ha dei comandi o leve come un robot classico, ma viene guidato con una sorta di display e con l'ausilio dei poteri Esp, del cui possesso Takeru assume gradualmente il controllo. Nel robot, il ragazzo rinviene un ciondolo, all'interno del quale trova un misterioso messaggio, che, a seguito della battaglia, verrà decifrato, svelando una realtà terribile, all'interno del robot stesso è programmata l'esplosione di una potentissima bomba, il cui potenziale è in grado di distruggere tutta la Terra, e che si attiverà non appena le onde cerebrali di Takeru si esauriranno. Al fine di evitare una simile eventualità il ragazzo viene incarcerato per salvaguardarne l'incolumità e con essa, quella dell'intero pianeta, ma Takeru è anche l'unico ad essere in grado di sconfiggere gli alieni di Gishin, anche grazie ad un ulteriore aiuto. Al robot G-R se ne sono aggiunti altri cinque, dislocati in altrettanti punti del globo, che unendosi formano un possente e invincibile robot, God Mars. Takeru, dapprima guardato con diffidenza per le sue origini aliene, assurge infine ad ultimo paladino in difesa della Terra grazie alla capacità di ricostruire God Mars e di sconfiggere, attraverso quest'ultimo gli eserciti alieni che di volta in volta attaccano la Terra. Spesso, però, Takeru sembra udire una voce misteriosa che lo informa per tempo delle mosse del nemico. La voce si rivelerà essere quella del fratello gemello Marg. Questi, in un incontro avvenuto sulla Luna, spiegherà a Takeru tutta la verità sulle sue origini facendo definitivamente chiarezza. Takeru in realtà si chiama Mars, è originario del pianeta Gishin ed è figlio di un grande scienziato, al quale, 17 anni prima, fu ordinato di sacrificare uno dei due figli per volere dell'imperatore Zoule, questi ordinò di inviarne uno sulla Terra assieme a G-R e alla bomba in grado di distruggere il pianeta. Lo scienziato obbedì, ma non completamente, e oltre a G-R, costruì altri cinque robot che unendosi fra di loro e G-R nel potente God Mars, avrebbero protetto il bambino. Scoperto il tradimento di Marg, gli uomini del pianeta Gishin lo sottopongono al lavaggio del cervello, trasformandolo in un violento generale e, assistito da una ragazza di nome Rose, si troverà a sostenere un violento scontro fratricida con Takeru. Marg verrà ferito e, sbattendo violentemente la testa, poco prima di morire riacquisterà la memoria tra le braccia del fratello ritrovato.
Quello che, nell'arco di 25 episodi e mezzo, sembra costituire un primo arco narrativo a sé stante, si conclude con lo scontro decisivo tra Takeru e Zoule, che sembra veder prevalere le forze del bene guidate da Takeru. Dopo la distruzione dell'armatura Zoule rivela la sua vera forma, cioè quella di un essere organico le cui molecole iniziano a diffondersi nell'universo ed ovunque arriveranno ognuna di esse prenderà un nuovo aspetto. Dal il 26° episodio inizia una nuova trama, più complessa della precedente e apparentemente scollegata dagli avvenimenti precedenti.
Durante un soggiorno presso la base orbitante Keres, i ragazzi della Squadra Speciale, salvano una misteriosa ragazza, Flore. La giovane, atterrita dalla sola presenza di Takeru, avrà modo di raccontare gli eventi che l'hanno portata in prossimità della base dove è stata soccorsa. Originaria del pianeta Marumeru, Flore si unì ad un gruppo di ribelli capitanati da Gosh, una sorta di pirata dello spazio nella ribellione scoppiata contro il malvagio dittatore del suo pianeta, Giron. La crudeltà e le persecuzioni di quest'ultimo avrebbero origine da una caratteristica che divide il popolo di Marumeru in due gruppi, coloro che sono dotati di superpoteri "plus" e coloro che posseggono superpoteri "minus". Essendo Giron dotato di poteri "plus" decide di perseguitare tutti coloro dotati di poteri "minus", tra cui Flore e tutti i ribelli, che serbano una certa diffidenza verso Takeru, allorquando i suoi poteri soprannaturali vengono identificati come "plus". Ciononostante, Takeru si propone di aiutare i ribelli con l'impiego di God Mars e il supporto della Squadra Speciale. Il malvagio Giron, rivelatosi per ciò che è in effetti, ossia una marionetta manovrata dal redivivo Zoule, ordina la costruzione di un enorme cannone a onde magnetiche per impedire la formazione di God Mars. L'uso ripetuto di tale arma porterà alla distruzione di Marumeru. Frattanto però, Zoule è riapparso e nel nuovo scontro con Takeru riporta una parziale vittoria, il malvagio imperatore infatti riesce a imporre al giovane pilota di God Mars gli anelli del diavolo che, ogni qual volta il possente robot viene a formarsi, accorciano la vita di Takeru.
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